Молотая сера широко используется в сельском хозяйстве в качестве средства против клещей и мучнистой росы. Обработку проводят в вегетативном периоде, но максимум за 1 день до сбора урожая и не более 5 раз за сезон. Эффективна при обработке виноградников, фруктовых деревьев, кустарников (кроме крыжовника).

Помимо применения в качестве инсектицида используется при производстве удобрений и фунгицида. В качестве составляющей повышает усвояемость остальных питательных веществ, а так же способствует укреплению корневой системы. Не вносится под овощные культуры, но значительно повышает урожайность зерновых. Внесение следует повторять ежегодно, так как при переходе в сульфаты сера перестает усваиваться растениями и почвы беднеют.

В резинотехнической отрасли сера молотая применяется как вулканизатор при изготовлении изделий из бутадиена, изопрена и сополимерных каучуков с непредельными цепями. Особенно широко используется для производства автомобильных покрышек для всех видов транспорта.